根据上述职责，财政税务局设4个职能科室，分别为综合科、预算科（国库科）、企业科（基本建设科）、行政事业科。
　　地税分局内设科室设置以上级部门核定的三定方案操作（其中综合科室与财政税务局综合科合署办公）。
　　（一）综合科
　　负责协调处理部门日常行政事务工作，起草综合性文稿；负责文秘、档案、保密、信息、大事记、信访、电子政务、财税年鉴和办公自动化等工作；负责有关会议的组织和记录、政务公开、政务督查督办、新闻宣传、对外接待联络和安全保卫工作；负责部门公文的收发、分办、核稿、送签和文印；负责干部教育和培训工作；负责部门财务、财产管理工作；负责财政管理信息化建设和运行维护工作；负责党建和文明局创建工作；负责部门和委属公司印章的管理工作；负责派驻行政服务中心窗口人员管理工作。
　　（二）预算科（国库科）
　　负责财政综合预算的编制、组织和执行；负责本级财政收支平衡工作；负责制定预算管理制度、收支政策和预算定额；负责预算指标管理；负责筹集、安排、调度开发建设资金；牵头负责财政预决算信息公开工作；负责组织实施财政国库管理制度改革工作；负责制定国库管理制度及国库资金运行涉及的相关配套制度；负责财政总会计和财政专户会计核算；负责财政收支分析和年度财政总决算编制；负责镇级财政管理工作，并实施指导和监督；负责政府性债务管理，编制、执行政府性债务计划；牵头组织实施各项财政监督工作。
　　（三）企业科（基本建设科）
　　负责企业财务管理工作，研究制定产业发展的财政政策，编制年度产业发展资金支出计划,制定各类产业发展资金管理办法和审核兑现产业扶持资金；负责会计人员和会计事务管理工作，做好会计协会相关工作；负责国有企业资产的管理工作，编制国有企业资本经营预算和实施国有资本经营绩效考核，制定国有企业资产管理制度和国有企业财务管理制度；负责研究国有资产运作和国有企业管理，促进国有企业发展；负责编制和执行政府性投资项目年度预算和固定资产投资年度决算；负责制定基本建设财政财务管理制度；负责政府投资项目的财务管理；参与政府性投资项目建设管理等有关工作；负责审查核定政府性投资建设项目的竣工财务决算。　
　　（四）行政事业科
　　负责行政事业单位财务管理工作；负责行政事业单位部门预决算管理工作；负责行政事业单位部门专项工作经费的管理和监督工作；负责行政事业单位综合性开支标准的制定、修订和解释工作；负责行政事业单位国有资产管理工作；负责制定和实施行政事业单位国有资产配置、使用、处置、收益管理等制度；负责政府采购管理工作；负责政府非税收入和财政票据管理；负责行政事业性收费项目管理，会同有关部门制订收费标准；负责农业财务管理工作。