根据上述职责，投资合作局（出口加工区管理局）设6个职能科室，分别为综合科、招商一科、招商二科[出口加工区管理分局（出口加工区管理科）]、招商三科、招商四科、招商五科。
　　（一）综合科
　　负责部门行政、文秘、后勤、接待、对外宣传、党建、文明局创建、综合考评等工作；负责招商客户管理系统建设和运营管理；负责招商网站的运营管理；负责招商政策研究、制订和监督执行；负责审核各类投资协议和政策兑现；负责外资项目的审核报批和统计；负责浙商回归和国内经济合作；负责驻外商务办事机构的管理；做好签约项目履约督查。
　　（二）招商一科
　　负责汽车整车及零部件等工业项目的研究和招商；负责与相关第三方机构的交流与合作。
　　（三）招商二科[出口加工区管理分局（出口加工区管理科）]
　　负责通航产业等产业研究和招商；负责出口加工区招商和运行管理；负责与相关第三方机构的交流与合作。
　　（四）招商三科
　　负责高端装备、智能电气、电子信息、数据技术等产业研究和招商；负责与相关第三方机构的交流与合作。
　　（五）招商四科
　　负责新材料、新能源等产业研究和招商；负责与相关第三方机构的交流与合作。
　　（六）招商五科
　　负责医疗器械、健康产业（含医药药品和健康食品）及各类服务业等产业研究和招商；负责与相关第三方机构的交流与合作。